百花山管理处设置7个内设机构：

   （一）办公室。负责本单位及所属事业单位政务工作，以及日常运转、内外联系和综合协调。负责拟订本单位有关规章制度。承担文电、会务、机要、档案、督查、信访维稳、保密、公务接待、后勤保障、法务等工作。负责信息、党务政务公开、综合考评工作。承担涉及本单位的“12345”等各类政府服务热线交办事件的统一接收、按责转办、督办落实、统一答复工作。

   （二）组织人事科。负责本单位及所属事业单位党建、纪检、统战、群团、机构编制、人事、离退休人员服务管理工作。承担本单位及所属事业单位落实全面从严治党主体责任的具体工作。

   （三）规划发展科。组织编制保护区发展规划和年度计划并组织实施。组织编写自然保护区各类工程项目申报材料，协助各部门做好立项、申报、审批及资料备案等工作。负责财务、审计、资产管理工作。

   （四）资源保护科。负责自然资源调查、统计和自然资源档案管理工作，掌握保护区内森林资源消长、野生动植物物种变化情况、各类人为活动情况，落实完成自然保护区内各项资源督查检查工作。制定巡护管理制度，对各管理站日常巡护管护工作进行指导、监督、汇总和统计，协助执法部门进行依法查处破坏自然资源的案件。负责林业有害生物的监测防治工作。负责对管理站、管理点的业务开展及保护区基础设施的完整性进行指导和检查。

   （五）科研监测科。负责科研监测计划的制定和组织实施。组织常规性科学研究和生态环境、物种繁育、样地、环境、动植物等监测工作。负责与相关科研机构的交流合作。负责科研技术的引进、推广、交流和科技档案的管理。负责教学实习和科技考察人员的监督管理工作。组织科研课题的开展以及专业人员培训、深造等人才培养计划的实施。

   （六）科普宣教科。在不影响自然环境和自然资源的前提下，制定生态旅游发展规划，并组织实施。负责与属地政府、有关单位及社区建立共管机制，制定社区发展规划和年度发展计划并组织实施。负责科普宣教活动及课程的制定和组织实施。负责保护区相关法律、法规、政策的培训与宣传教育。负责保护区对外交流与联络工作。负责保护区志愿者招募培训及管理工作。负责保护区对外宣传工作，设计制作科普宣传品和宣传材料。负责管理保护区对外平台运维工作。

   （七）安全管理科。贯彻执行有关安全生产、森林防火、防洪防汛的法律法规及方针政策。负责保护区安全生产、森林防火、防洪防汛的组织实施与监管。负责组织开展防灾减灾应急演练。负责保护区消防安全管理工作。负责保护区平安建设相关工作。