（一）办公室。负责机关日常运转工作，负责文电、会务、机要、档案等工作。承担机关及所属事业单位人事、机构编制、队伍建设、财务、固定资产管理、内部审计等工作。

（二）自然生态与综合管理科。贯彻落实本市自然生态保护方面的地方性法规、规章，研究拟订本区相关政策、规划、标准等。负责区级生态环境保护重大课题的调查研究，落实本市关于生态文明体制改革相关工作。

（三）污染源管理科。负责污染源综合管理，承担污染物排放总量控制综合协调和管理工作。负责本区固体废物、化学品、重金属、噪声等污染防治的监督管理。负责生态环境应急管理工作。落实生态环境保护应急预案，组织开展应急培训、演练和应急值守。

    （四）督察与大气管理科。负责本区大气、化石能源污染源防治的监督管理，落实本市大气污染防治方面的法规、规章。负责全区生态环境保护督察工作的综合协调。落实本市关于生态环境保护督察的规章制度和规划计划。负责中央和北京市生态环境保护督察期间的协调联络工作。

（五）行政审批科。负责本单位行政审批事项目的统筹、协调工作。负责本区生态环境领域固定资产投资和项目管理相关工作。负责贯彻执行市级关于行政审批事项的办理流程、审批标准、质量标准及规范。负责本区辐射安全和光污染防治的监督管理。   

直属单位

   （一）区生态环境综合执法大队。负责集中行使法律、法规、规章规定的应由本区区级生态环境主管部门行使的污染防治、生态保护、机动车排放等领域行政执法职责。负责本市机动车、非道路移动机械等大气移动源污染防治的监督管理。研究拟订本区机动车污染防治标准、控制机动车排放污染防治规划等。落实机动车排放污染控制阶段性目标和措施。组织开展机动车污染形势综合分析研究。

完成区委、区政府和区生态环境局交办的其他任务。   

   （二）区生态环境监测站。负责本区生态环境监测工作。负责本区大气、水、土壤、生态、噪声等生态环境质量监测、分析、评价等相关技术工作。负责贯彻落实本区生态环境监测、生态环境科技方面的政策、规划、标准和生态环境监测质量管理制度。组织建设和管理区级生态环境监测网。组织开展生态环境质量监测、污染源监督性监测、温室气体减排监测、应急监测和生态保护科学研究。调查评估生态环境质量状况并进行预测预警。落实生态环境质量公告制度。统一发布生态环境状况公报和生态环境监测信息。完成区委、区政府和区生态环境局交办的其他任务。 

   （三）区生态环境事务中心。负责本区生态环境保护相关的辅助性和事务性工作。负责开展生态环境保护宣传教育以及生态环境保护信息的采集和发布。负责为环境影响评价文件的评估、复核提供服务保障。完成区生态环境局交办的其他任务。推广生态环境保护技术工程示范、技术应用和科普工作，参与促进循环经济和生态环境保护产业发展。完成区委、区政府和区生态环境局交办的其他任务。